Λιμνοθαλασσα Αγγελοχωριου, ο φυσικός υγρότοπος της λιμνοθάλασσας Αγγελοχωρίου η Μεγάλου Εμβόλου, έκτασης 377,2 εκταρίων παρουσιάζει βλάστηση αντίστοιχη της Επανομής. Στην Λιμνοθαλασσα Αγγελοχωριου οι οικότοποι είναι λιγότεροι λόγω της αυξημένης αλατότητας από την γειτνίαση της με της αλυκές και λόγω της μικρότερης έκτασης του υγροτόπου. Αποτελείται κατά κύριο λόγο από ετήσια φυτά ενώ τα φυτικά είδη που κυριαρχούν ανήκουν κυρίως στις οικογένειες Chenopodiaceae, Gramineae και Compositae.
Έχουν καταγραφεί 178 διαφορετικά είδη πουλιών εκ των οποίων τα 48 είναι προστατευόμενα είδη (flamingos– κορμοράνος). Aναφορικά όμως με την υπόλοιπη πανίδα εδώ συμβιώνουν πολλά είδη θηλαστικών, αμφιβίων και ερπετών. Ξεχωρίζουν η μεσογειακή χελώνα (Testudohermanii), η ελληνική χελώνα (Testudograeca) και ο λαγόγυρος (Citelluscitellus) που χαρακτηρίζονται ως είδη προτεραιότητας από την οδηγία 92/43 ΕΟΚ.
O πράσινος φρύνος (Bufoviridis), ο δεντροβάτραχος (Hylaarborea) η βαλκανόσαυρα (Podarcistaurica) και ο λαφιάτης του Ασκληπιού (Elaphelongissima). Χαρακτηρίζονται ως είδη που απαιτούν αυστηρή προστασία από την ίδια οδηγία. Kαθώς και άλλα όπως το νερόφιδο (Natrixnatrix), η αλεπού (Vulpesvulpes), ο σκαντζόχοιρος (Erinaceusconcolor) και ο ασβός (Melesmeles).
Επίσης έχουν καταγραφεί 11 τύποι οικότοπων, δύο εκ των οποίων είναι προτεραιότητας και αφορούν θαλάσσιους τύπους οικοτόπων, όπου υπάρχουν σπάνια είδη ψαριών (Ζαχαρίας, Ταινιοσακοράφα).
